Tugas PenKom (part 2)

PEMETAAN GEN

Morgan mengamati dari data hasil persilangan Drosophila, bahwa proporsi turunan tipe rekombinan gen-gen yang terpaut berbeda-beda bergantung pada pasangan gen yang dipelajari. Ia berpikir bahwa keragaman ini karena frekuensi pindah silang yang kemungkinan pantulan nyata dari jarak antar gen pada kromosom. Morgan memberikan data pengamatan hasil persilangannya kepada muridnya, Alfred Stutevant, yang pada waktu itu masih mahasiswa S1, dan diminta agar data pindah silang antar gen-gen terpaut bisa mempunyai arti. Dalam waktu satu malam, Sturtevant berhasil mengembangkan metode untuk menerangkan hubungan antar gen yang sampai sekarang masih digunakan.

Sebagai contoh hasil uji silang berikut:

pr vg/pr vg 163 tipe tetua

+ +/pr vg 191 tipe tetua

pr +/pr vg 23 tipe rekombinan

+ vg/pr vg 21 tipe rekombinan

400

Dari 400 turunan, 44 (11%) merupakan tipe rekombinan. Sturtevant menyatakan bahwa persentase rekombinan bisa dipakai sebagai indeks kuantitatif jarak linier antar dua pasang gen pada suatu ‘peta genetik’ atau ‘peta keterpautan’. Dasar pemikirannya adalah bahwa semakin jauh letak antar dua pasang gen pada sepasang kromosom homolog maka semakin besar kemungkinan terjadinya pindah silang antar dua pasang gen tersebut, sehingga semakin besar proporsi meiosis yang menghasilkan rekombinan. Jadi, dengan menghitung frekuensi rekombinan, dapat mengukur jarak peta atau pasangan.

Selanjutnya, akibat dari hubunga ini, jika frekuensi rekombinan antar gen A dan gen B adalah 5%, maka gen A dan gen B dipisahkan oleh 5 unit map (5 u.m). Bila diketahui gen A dan gen C dipisahkan oleh 3 u.m maka gen C dan gen B seharusnya dipisahkan oleh 8 u.m atau 2 u.m:

Peta berdasarkan rekombinasi:

Perlu disadari bahwa nilai jarak genetik ini adalah suatu hipotesis dan suatu nilai dugaan, sehingga tidak terlepas dari kesalahan persobaan, semakin besar proporsi yang dipakai maka semakin baik nilai dugaan.

II.1. Uji Dua Titik Keterpautan

Contoh menghitung jarak genetik antar 2 gen dan kegunaan informasi jarak genetik yang diketahui, dapat diikuti pada contoh berikut:

Pada jagung gen Tp2 (teopod) dan Lc (ukuran daun) terletak pada satu kromosom. Hasil uji silang tanaman heterozigot diperoleh data:

Fenotipe Banyaknya pengamatan

tp2 lc 140 tipe tetua

Tp2 lc 46 tipe rekombinan

tp2 Lc 30 tipe rekombinan

Tp2 Lc 156 tipe tetua

372

Dari data di atas dapat diketahui bahwa dua gen tersebut terpaut, karena nisbahnya tidak sesuai dengan 1 : 1 : 1 : 1. Selain itu juga diketahui bahwa konfigurasi kedua gen pada tetua-tetuanya merupkan koupling, karena fenotipe kedua gen dominan dan kedua gen resesif lebih banyak daripada fenotipe rekombinan. Frekuensi pindah silang sam dengan frekuensi turunan tipe rekombinan yaitu (46 + 30)/(372) = 0.20, jadi jarak genetik antara dua lokus ini 20 unit map. Informasi peta keterpautan dua lokus dapat dipakai untuk pendugaan, sebagai contoh dari individu heterozigot Tp2 Lc/tp2 lc, dapat diduga 10% gametnya akan Tp2 lc dan 10% lagi tp2 Lc. Gamet tipe tetua, Tp2 Lc dan tp2 lc, masing-masing akan hadir 40%. Dengan menggunakan frekuensi gamet dugaan, frekuensi turunannya dapat diduga sebagi berikut:

a. Proporsi individu F2 normal homozigot

= (0.40) (0.40)

= 0.16 atau 16%

b. Proporsi individu tp2tp2 Lclc

= 2 (frekuensi gamet tp2 Lc) (frekuensi gamet tp2 lc)

= 2 (0.10) (0.40)

= 0.08 atau 8%

c. Jika 250 biji hasil uji silang ditanam maka:

= (0.20) (250)

= 50 individu tanaman akan tipe rekombinan

II.2. Uji Tiga Titik Keterpautan

Uji tiga titik keterpautan lebih teliti, karena uji ini bisa melacak pindah silang ganda dan urutan gen.

Misalkan uji silang tanaman jagung heterozigot untuk tiga gen menghasilkan turunan sebagai berikut:

Gl Les Fl/gl les fl x gl les fl/gl les fl

↓

Gl Les Fl 285 tipe tetua

gl le fl 236 tipe tetua

Gl les fl 99 satu pindah silang antara

gl Les Fl 111 gl dan Les

Gl Les fl 42 satu pindah silang antara

gl le Fl 33 Les dan fl

Gl les Fl 16 dua pindah silang

gl Les fl 1 6

838

Kelas turunan tipe tetua paling banyak yaitu 521 dari 838, kelas turunan pindah silang ganda dapat diidentifikasi sebagai kelas yang frekuensinya paling sedikit. Untuk menentukan frekuensi pindah silang antar 2 lokus adalah :

Frek. pindah silang (ps) = (banyaknya ps tunggal + banyaknya ps ganda) x 100%

Jumlah semua turunan

Ps (gl-les) = 99 + 111 + 16 + 16 x 100%

838

= 28.8 um

Jarak gentik gl dan les adalah 29 um

Ps (les-fl) = 42 + 33 + 16 + 16 x 100%

838

= 12.8 um

Jarak genetik les dan fl adalah 13 um

Dari perhitungan di ata ada dua kemungkinan peta genetik gen-gen gl-les-fl yaitu:

Untuk menentukan mana yang benar maka perlu dihitung ps antara Gl dan Fl:

Ps (gl-fl) = 99 + 111 + 42 + 33 x 100%

838

= 34 um

Jarak genetik gl dan fl adalah 34 um. Jadi kemungkinan 1 yang benar, akan tetapi nila ps (gl-fl) = 34 um kurang dari jumlah (29 + 13) = 42 um, mengapa? Jika diperhatikan pada waktu menghitung ps (gl-fl) nilai ps ganda tidak dihitung sebagai ps untuk gel dan fl, padahal telah terjadi dua kali pindah silang. Oleh karena itu penghitungan ps (gl-fl) perlu ditambahkan 2 kali nilai ps ganda:

ps (gl-fl) = 99 + 111 + 42 + 33 + 2 (16+16) x 100% = 41.7 um

838

Jadi jarak genetik Gl dan fl adalah 42, sesuai dengan penjumlahan ps (gl-les) + ps (les-fl).

Uji tiga titik memungkinkan menghitung pindah silang ganda. Selain itu juga bisa diperiksa apakah pindah silang di satu daerah bebas dari pindah silang daerah lainnya. Untuk mengetahui kejadian ini diperlukan suatu besaran I yaitu besaran interferensi:

I = 1- C

Koefisien koinsiden (C) = ps ganda diamati

ps ganda diharapkan

Banyaknya pindah silang ganda yang diharapkan dapat dihitung dengan cara mengalikan frekuensi masing-masing ps tunggalnya dan hasilnya dikalikan terhadap jumlah semua turunan.

Pada contoh sebelumnya:

C = 16 + 16

0.29 x 0.13 x 838

= 1.01

jadi interferensi (I) = 1-1.01 = - 0.01

Untuk kasus ini interferensi bisa diabaikan karena negatif sangat kecil. Nilai I bisa posistif, nol atau negatif. Jika nilai I = 0, artinya ps ganda yang diharapkan sama dengan ps ganda yang diamati, jadi pindah silang di satu daerah tidak mempengaruhi pindah silang daerah lainnya. Bila I bernilai positif: I > 0, maka terjadi penekanan pindah silang pada satu ruas akibat adanya pindah silang pada ruas lain. Bila I negatif, I <>

Contoh: Dari uji tiga titik untuk lokus v (virescent), gl (glossy), dan va (variable sterility) pada tanaman jagung, diketahui ketiga lokus terpaut pada satu kromosom:

interferensinya diketahui 0.4 atau 40%. Jika ditanam 1750 biji turunan hasil persilangan:

V gl Va/v Gl va x v gl va/v gl va

Berapa turunan V Gl Va akan seharusnya tampak?

Jawab

I = 1 – C

0.4 = 1 – C

0.6 = # ps ganda diamati

# ps ganda diharapkan

# ps ganda diamati = (0.6) (# ps ganda diharapkan)

= (0.6) (0.183) (0.136) (1750)

= 26.13 (# V Gl Va + # v gl va)

dengan asumsi banyaknya individu masing-masing kelas hasil ps ganda sama, maka

# V Gl Va = 26.13/2 =13.07 = 14

Faktor-faktor yang mempengaruhi frekuensi rekombinan:

Jarak antar lokus

Semakin jauh jarak antar lokus, semakin tinggi frekuensi rekombinan

Posisi sentromer terhadap lokus

Semakin dekat lokus ke sentromer maka semakin kurang frekuensi pindah silang

Kontrol gen

Beberapa lokus gen telah diidentifikasi meningkatkan atau menurunkan frekuensi rekombinan. Beberapa lokus ini mempengaruhi pada waktu kromosom berpasangan ketika meiosis, yang lainnya sesudah kromosom berpasangan.

Suhu yang ekstrim

Suhu tinggi atau rendah mempengaruhi meiosis dan juga mempengaruhi rekombinan

Penggunaan bahan kimia atau radiasi dapat meningkatkan pindah silang

Tugas PenKom A24070098 (part 1)

Tips dan Trik Pencarian dengan Google

Sudah tidak asing lagi, kebanyakan orang jika ingin mendapatkan atau mencari informasi di internet pasti akan bertanya pada Google. Para Hacker dan Cracker pun sering sekali mengunakan Google untuk mencari file atau informasi yang dibutuhkan. Tapi anda pasti pernah kebingungan dengan informasi yang ditampilkan di Google yang begitu banyak, namun dari sekian banyak informasi yang ditampilkan hanya sedikit sekali yang mengarah pada apa yang anda harapkan. Sebenarnya Google menyediakan fitur-fitur pencarian agar pencarian kita lebih efektif. Tapi masih banyak orang yang belum tahu atau belum mengerti bagaimana cara penggunaannya. Sebenarnya fitur apa saja sih yang disediakan oleh Google ? mari kita bahas sedikit tentang pencarian google ini.

FITUR PANCARIAN DASAR

1. FRASE : Mencari informasi yang mengandung frase yang dicari dengan menggunakan tanda petik dua ( “” )

Contoh : “Jaringan Komputer”

2. AND : Mencari informasi yang mengandung kedua kata yang dicari

Contoh : Buku Cerita

Buku AND Cerita

Buku+Cerita

3. OR : Mencari informasi yang mengandung salah satu kata dari kedua kata

Contoh : pop OR punk

Pop | punk

4. NOT : mencari informasi yang mengandung kata yang di depan, tapi tidak mengandung kata yang di belakng minus (-).

Contoh : ikan –asin

contoh tersebut akan mencari informasi yang mengandung kata ikan tetapi bukan asin

5. SINONIM (~) : Mencari kata beserta sinonimnya

Contoh: ~mobile

6. ASTERIK (*) : Digunakan untuk pengganti kata

contoh : hasil *UAS

Hasil dari pencarian tersebut adalah hasil nilai uas, hasil ujian uas, dsb

7. Tanda TITIK (.) : Katakter pengganti huruf, angka dan karatkter tunggal

contoh Ex : ko.i

Dari hasil tersebut akan didapat kopi, koki, kodi, dsb

8. TIDAK CASE SENSITIVE : Google tidak mengenal perbedaan Besar, Kecil Huruf ,Kapital dan bukan capital akan dianggap sama.

contoh : nocturnal, nOcTuRnaL akan dianggap sama.

9. PENGABAIAN KATA : Google mengabaikan keyword berupa karakter tunggal dan kata-kata berikut: a, about, an, and, are, as, at, b, by, from, how, i , in, is, it, of, on, or, that, the, this, to, we, what, when, where, which, with. Apabila kita masih tetap menginginkan pencarian kata tersebut, kita bisa menggunakan karakter + di depan kata yang dicari, atau bisa menggunakan tanda petik dua ( “”) agar dianggap sebagai frase.

contoh : Perangkat Lunak Jaringan Bagian +1, atau “Perangkat Lunak Jaringan Bagian 1”

10 Anda Merasa beruntung : Anda akan dibawa langsung ke informasi yang anda cari

FITUR PENCARIAN LANJUT

1. DEFINE : mencari definisi dari sebuah kata

contoh : define:e-commerce, contoh tersebut akan mencari definisi dari kata e-commerce dari berbagai sumber.

2. CACHE : Menampilkan situs yang terindeks oleh google meskipun situs tersebut sudah tidak aktif lagi.

contoh : cache:sttpln.com php

akan menghasilkan pencarian kata php pada situs sttpln.com yang ada di indeks Google.

3. LINK : menampilkan daftar link yang mengarah kesebuah situs

contoh : link:madnessnocturnal.wordpress.com

Akan menampilkan beberapa situs yang memiliki link ke madnessnocturnal.wordpress.com

4. RELATED : Menampilkan situs yang serupa, mirip, atau memiliki hubungan dengan suatu situs.

contoh: related:madnessnocturnal.co.nr

5. INFO : menampilkan informasi yang google ketahui tentang sebuah situs

contoh : info:madnessnocturnal.wordpress.com

6. SITE : Mencari informasi khusus di situs yang ditunjuk

contoh : virus site:ilmukomputer.com

akan mencari halaman yang mengandung keyword virus pada situs ilmukomputer.com

7. FILETYPE : mencari file sesuai dengan file tipe yang di inginkan.

contoh : tutorial php filetype:pdf

akan mencari file bertipe PDF yang memiliki keyword tutorial php

8. ALLINTITLE : Menampilkan seluruh kata yang dicari dalam TITLE halaman. Sintaks ini tidak dapat digabungkan dengan operator (sintaks) lain. Gunakan intitle untuk keperluan ini.

Contoh : allintitle:java programming

Dari contoh di atas akan menampilkan halaman yang memeiliki title java programming

9. INTITLE : menampilkan satu kata yang dicari dalam title halaman

Intitle: java programming

Contoh tersebut akan menghasilkan pencarian halaman yang memiliki title java, dan isi halaman yang menghasilkan kata programming.

10. ALLINURL : menampilkan seluruh kata yang dicari di dalam url

Allinurl : java programming

Contoh di atas akan menghasilkan daftar url yang mengandung kata java dan programming. Allinurl tidak dapat digabungkan dengan sintaks/operator lain. Gunakan inurl ntuk keperluan ini.

11. INURL : menampilkan satu kata yang dicari dalam url

Contoh : Inurl:java programming

Contoh diatas akan menampilkan daftar url yang mengandung kata java dan isi halaman yang mengandung kata programming.

Kita dapat mengkombinasikan operator-operator tersebut agar menghasilkan pencarian yang lebih efektif lagi.

Hmm, sepertinya ini menyenangkan..

Wah,, ternyata ngeblog via blogspot lebih gampang aksesnya. Ga kayak via fs.. Soalnya, kalo di kampus, jam 8 pagi mpe jam 4 sore, ga bisa (ga diizinkan tepatnya) ngakses fs dan beberapa website serta ga bisa sembarangan ngedownload.. -Kuno yah kampus saya? :( -
Okeyy,, kalo gitu, saya bakal sering bawa laptopi -semoga-. Meluangkan sedikit waktu saya ke GKA buat ngeblog.. Abisnya, ga tega sama blog ini.. Udah namanya keren banget, tapi ga difungsikan. Eman2.

Saya suda bertekad, ni blog ga cuma curhat mlulu isinya. Saya pengen, bisa berbagi ilmu dan opini saya, dalam bidang apapun. Mohon dukungannya ya teman-teman! =)

TELAT !

Haduhh..

Hari ni, terpaksa bolos kuliah Dasar-dasar ArLan.. Gara-gara apa coba?? Telat! Najis banget kan?? Arghh.. Biasanya ce, telat 5-10 menit juga ga masalah. Masi ditolerir. Tapi tadi beda,, Bangun kesiangan. Ini itu dulu. Dll, dsb.. Walhasil, jam tangan menunjukkan pukul 08.18, padahal masuknya jam 8. Dan dosennya, pas bapak itu. Dimana dua minggu kemaren, q telat juga, yang menuai cercaan serta omelan a-z. Minggu kemaren, ga telat. Eh, pas ada temen telat, ga diapa2in! Dasar bapak itu.

Pas uda nyampe kelas, dilewatin aja ntu kelas, sambil ngliat, sapa ya dosennya? Jengjengjeng, bapak itu ternyata! Ugh, saya tidak mau mempermalukan diri saya sendiri. Jadi,, saya bolos saja. Hwahwahwa.. Sedih juga,, ga ikut kelas itu.. Sebenernya, ntu bapak enak banget kalo lagi ngejelasin. Didukung "rasa ingin belajar" saya, saya mengendap-endap ke samping kelas, berharap bisa mendengar penjelasan beliau. Apa daya,, noise terlalu banyak. Ya sudlah, saya beranjak ke area GKA, ber-WiFi dengan gembira. =)

However,, ga mao telat lagi!!! -semoga!-

Here I am..

Aslm..

Yeahh,,
Finnally, i made this.
My blog!
Setelah dikompor2i oleh seseorang dan berhasil mendapatkan ide buat alamat blognya,
jadilah..
Mungkin, tulisannya macem2.. Penting, ga penting, semoga kalian suka.
Hope, i could be a good writer.
Ameenn..